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L'analisi delle mutazioni di resistenza ai farmaci antiretrovirali dell'HIV è un esame di genotipizzazione del virus per guidare la scelta della terapia antiretrovirale. L'RNA dell'HIV viene estratto dal plasma del paziente (richiesta una carica virale > 500-1000 copie/ml), retrotrascritto in DNA complementare e amplificato con PCR. Le regioni genomiche che codificano per gli enzimi bersaglio dei farmaci vengono sequenziate: la proteasi (target degli inibitori della proteasi), la trascrittasi inversa (target degli NRTI e degli NNRTI), l'integrasi (target degli inibitori dell'integrasi) e, se necessario, l'envelope gp41 (target degli inibitori della fusione). Le sequenze vengono confrontate con i database di resistenza (Stanford HIV Drug Resistance Database, algoritmo ANRS) per identificare le mutazioni note associate alla resistenza e classificare il virus come sensibile, parzialmente resistente o resistente a ciascun farmaco. L'esame è indicato prima dell'inizio della terapia (test di resistenza basale), in caso di fallimento virologico e per guidare lo switch terapeutico.
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