L'MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) è una tecnica di biologia molecolare che permette di valutare simultaneamente il numero di copie (CNV) di sequenze genomiche specifiche in un singolo campione di DNA, identificando delezioni o duplicazioni in loci cromosomici selezionati. La tecnica utilizza coppie di sonde che si ibridano in sequenza a sequenze bersaglio adiacenti e vengono ligati solo se entrambe le sonde si ibridano correttamente; i prodotti di ligazione vengono poi amplificati con PCR e separati per elettroforesi capillare. Grazie alla sua semplicità e al basso costo rispetto ad altre metodiche, l'MLPA è utilizzata per la diagnosi di alterazioni CNV presenti in alcune neoplasie. La variante MS-MLPA (Methylation Sensitive-MLPA) aggiunge alla valutazione del numero di copie anche l'analisi dello stato di metilazione del DNA in specifiche regioni, consentendo l'identificazione della presenza di metilazione a carico di alcuni geni oncosoppressori.