La tecnologia nCounter di NanoString è una piattaforma innovativa di biologia molecolare che permette la misurazione diretta e simultanea dell'espressione di centinaia di geni in un singolo campione biologico, senza necessità di amplificazione del materiale di partenza tramite PCR. Il principio si basa sull'ibridazione delle molecole di RNA target con coppie di sonde fluorescenti colorate, ciascuna dotata di un codice a barre molecolare univoco. Le molecole ibridizzate vengono conteggiate una per una tramite imaging digitale ad alta risoluzione, ottenendo una quantificazione diretta e altamente riproducibile delle molecole presenti nel campione. La metodica è particolarmente robusta con campioni di RNA degradato, inclusi quelli estratti da tessuti inclusi in paraffina (FFPE), rendendo possibile l'analisi retrospettiva di casistiche patologiche archiviate. Le applicazioni cliniche principali in oncologia includono la classificazione molecolare dei tumori mammari (panel PAM50 per la classificazione in sottotipi luminale A, luminale B, HER2-arricchito, basale), il profilo di espressione per la valutazione del rischio di recidiva in tumori del colon, polmone e altri organi, l'identificazione di firme geniche predittive di risposta a specifiche terapie e lo studio del microambiente tumorale. La piattaforma è anche impiegata in ricerca per lo studio dell'immunologia, delle malattie neurodegenerative e di altri ambiti clinici.