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Il dosaggio degli anticorpi anti-endomisio (EMA) è un esame sierologico ad alta specificità (circa 99%) per la diagnosi di celiachia. L'endomisio è il tessuto connettivo che circonda le fibre muscolari lisce e contiene la transglutaminasi tissutale, che è l'antigene bersaglio degli anticorpi. Il test viene eseguito con immunofluorescenza indiretta: il siero del paziente viene incubato su sezioni di esofago di scimmia (o cordone ombelicale umano) e gli anticorpi EMA, se presenti, producono un caratteristico pattern fluorescente a rete (honeycomb) attorno alle fibre muscolari. La lettura è operatore-dipendente e richiede esperienza. Gli EMA sono richiesti come test di conferma quando gli anticorpi anti-transglutaminasi tissutale (anti-tTG) sono positivi, oppure come test diagnostico primario nei centri che li utilizzano di routine. La positività simultanea di anti-tTG e EMA con titoli elevati (anti-tTG > 10 volte il cut-off) può consentire la diagnosi di celiachia senza biopsia duodenale nelle linee guida pediatriche.
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