Il C3 è la proteina centrale e più abbondante del sistema del complemento, un'importante componente dell'immunità innata costituita da oltre 30 proteine plasmatiche e di membrana. Il C3 è sintetizzato dal fegato e partecipa a tutte e tre le vie di attivazione del complemento: classica (attivata da immunocomplessi), lectinica (attivata da mannosio microbico) e alternativa (attivata spontaneamente sulle superfici microbiche). La scissione del C3 da parte delle convertasi genera il C3b (opsonina che riveste i patogeni facilitando la fagocitosi, e componente della C5 convertasi) e il C3a (anafilotossina con attività pro-infiammatoria). Il dosaggio si esegue su siero con nefelometria o immunoturbidimetria. Valori normali sono indicativamente 90-180 mg/dL. La riduzione del C3 indica consumo attivo del complemento: si osserva nel lupus eritematoso sistemico (dove il monitoraggio del C3 correla con l'attività di malattia, soprattutto la nefrite lupica), nella glomerulonefrite membranoproliferativa (consumo persistente via alternativa), nella glomerulonefrite post-streptococcica (riduzione transitoria), nella crioglobulinemia, nell'endocardite batterica subacuta, nella CID e nel rigetto di trapianto. Deficit genetici del C3 sono rari e causano infezioni ricorrenti da batteri piogeni e malattia da immunocomplessi. Il C3 è anche una proteina di fase acuta positiva: può essere normale o elevato nell'infiammazione anche con consumo moderato.