L'apolipoproteina B (Apo B) è una proteina di grande peso molecolare (circa 550 kDa) che esiste in due forme: Apo B-100 (sintetizzata dal fegato, presente in VLDL, IDL, LDL e Lp(a)) e Apo B-48 (sintetizzata dall'intestino, presente nei chilomicroni). Poiché ogni particella di LDL, VLDL e IDL contiene esattamente una molecola di Apo B-100, il dosaggio dell'Apo B è un indicatore diretto del numero totale di particelle lipoproteiche aterogene in circolo, a differenza del colesterolo LDL che misura il contenuto lipidico. Il dosaggio si esegue su siero (non richiede necessariamente il digiuno) con immunoturbidimetria o nefelometria. Valori desiderabili sono inferiori a 130 mg/dL nella popolazione generale e inferiori a 80 mg/dL nei pazienti ad alto rischio cardiovascolare. L'Apo B è particolarmente utile in condizioni dove il colesterolo LDL può sottostimare il rischio: nella sindrome metabolica, nel diabete di tipo 2 e nell'ipertrigliceridemia, dove le particelle LDL sono piccole e dense (più aterogene) e numerose, con LDL-colesterolo apparentemente nella norma ma Apo B elevata (discordanza LDL-C/Apo B). Le linee guida ESC/EAS riconoscono l'Apo B come target terapeutico alternativo. Le cause genetiche di Apo B elevata includono l'ipercolesterolemia familiare da difetto dell'Apo B (familial defective Apo B-100) e l'iperlipidemia combinata familiare.