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L'esame colturale del pus da lesioni profonde è un'analisi microbiologica fondamentale per la diagnosi eziologica delle infezioni dei tessuti profondi e delle raccolte ascessuali. Il campione viene prelevato mediante aspirazione con siringa sterile (preferibile al tampone per la migliore resa, soprattutto per gli anaerobi) dal centro della raccolta purulenta durante il drenaggio chirurgico o percutaneo. Il materiale viene seminato su terreni di coltura aerobi (agar sangue, agar cioccolato, agar MacConkey) e anaerobi (agar Schaedler, agar Brucella con sangue, tioglicolato). Le infezioni profonde sono frequentemente polimicrobiche. I patogeni più comuni negli ascessi addominali comprendono Escherichia coli, Bacteroides fragilis, Enterococcus spp. e Streptococcus anginosus. Gli empiemi pleurici sono causati da Streptococcus pneumoniae, S. anginosus, Staphylococcus aureus e anaerobi. La fascite necrotizzante può essere monomicrobica (S. pyogenes tipo I) o polimicrobica (tipo I con anaerobi e Gram-negativi). L'antibiogramma guida la terapia antibiotica mirata.
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