L'esame microbiologico del secreto uretrale è un'analisi di laboratorio per la diagnosi eziologica delle uretriti maschili. Il prelievo viene eseguito al mattino prima della minzione (per evitare il lavaggio dei patogeni) introducendo un tampone sottile sterile nel meato uretrale per 2-3 cm e ruotandolo per raccogliere le cellule epiteliali e il secreto. L'esame comprende: l'esame microscopico diretto con colorazione di Gram (presenza di diplococchi Gram-negativi intracellulari suggestivi di N. gonorrhoeae, conta dei polimorfonucleati per confermare l'uretrite: ≥ 5 PMN per campo ad alto ingrandimento), la coltura su terreni selettivi (agar cioccolato con supplemento Vitox e terreno di Thayer-Martin per N. gonorrhoeae, agar sangue per batteri aerobi) e l'antibiogramma dei patogeni isolati. L'esame è indicato nell'uomo con secrezione uretrale purulenta o mucopurulenta, disuria, prurito uretrale e sospetta infezione a trasmissione sessuale. I principali patogeni responsabili di uretrite comprendono Neisseria gonorrhoeae (uretrite gonococcica) e, tra le uretriti non gonococciche, Chlamydia trachomatis, Mycoplasma genitalium, Ureaplasma urealyticum e Trichomonas vaginalis.