L'esame microscopico e colturale per micobatteri è un'analisi microbiologica di riferimento per la diagnosi di infezioni da micobatteri, inclusa la tubercolosi polmonare ed extrapolmonare e le infezioni da micobatteri non tubercolari (NTM). L'esame viene eseguito su vari tipi di campione biologico: espettorato spontaneo o indotto, broncoaspirato, lavaggio broncoalveolare, biopsia tissutale, urine, sangue, liquido cerebrospinale, liquido pleurico o peritoneale, a seconda della sede clinica sospetta. La ricerca si articola in due fasi: l'esame microscopico diretto, eseguito con colorazioni specifiche come la Ziehl-Neelsen o la fluorescenza con auramina, che permette di rilevare bacilli acido-resistenti (BAAR) in tempi rapidi; e l'esame colturale, condotto su terreni solidi e liquidi specifici per la crescita di micobatteri, che richiede settimane ma consente l'isolamento e l'identificazione precisa della specie micobatterica. L'identificazione di specie è inclusa nell'esame e si avvale di tecniche molecolari (PCR, MALDI-TOF). L'antibiogramma può essere aggiunto per orientare la terapia nei casi di tubercolosi confermata, in particolare per rilevare la resistenza a farmaci di prima e seconda linea.