La fistulotomia è l'intervento chirurgico di scelta per il trattamento delle fistole anali semplici e superficiali, ovvero quelle che attraversano una quantità minima di muscolo sfintere anale e per le quali il rischio di incontinenza è basso. L'intervento consiste nell'apertura longitudinale dell'intero tragitto fistoloso, dalla cute perianale fino all'orifizio interno nel canale anale, mediante bisturi o elettrobisturi. Una volta aperto, il tetto del tragitto viene asportato o abbassato e i margini vengono sagomati a cucchiaio per permettere una guarigione per granulazione dal basso verso l'alto, tecnica nota come marsupializzazione. Questo approccio consente di trattare definitivamente la fistola in un unico tempo operatorio. L'intervento viene eseguito in anestesia spinale o generale in regime ambulatoriale o di day surgery. Il decorso post-operatorio richiede medicazioni regolari della ferita fino alla guarigione completa, che avviene generalmente nell'arco di quattro-sei settimane. La fistulotomia non è indicata nelle fistole trans-sfinteriche alte o sovrasfinteriche, dove il rischio di compromissione della continenza è elevato e si preferiscono tecniche alternative come il setone o le tecniche di flap mucoso.