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La genotipizzazione batterica con sequenziamento fino a 2.400 paia di basi è un esame di biologia molecolare avanzata utilizzato per l'identificazione precisa della specie batterica quando le metodiche colturali e biochimiche tradizionali non forniscono risultati definitivi. Il campione biologico, contenente il microrganismo isolato o il materiale infetto, viene sottoposto ad estrazione del DNA seguita dall'amplificazione mediante PCR di regioni geniche conservate, tipicamente il gene 16S rRNA o altri geni housekeeping. Il prodotto amplificato, di lunghezza fino a 2.400 pb, viene poi sequenziato con metodo Sanger e la sequenza ottenuta viene confrontata con database di riferimento (GenBank, SILVA) per l'attribuzione tassonomica. Questa metodica è particolarmente utile per l'identificazione di micobatteri non tubercolari, actinomiceti, batteri anaerobi rari, Nocardia e altri microrganismi difficili da identificare con metodi fenotipici. Il risultato è disponibile generalmente entro 5-7 giorni lavorativi e fornisce un'identificazione a livello di specie con elevata accuratezza, orientando la scelta della terapia antibiotica mirata.
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