La genotipizzazione virale è un'analisi di biologia molecolare che determina il genotipo (o sottotipo) di un virus mediante il sequenziamento di una porzione specifica del suo genoma, in questo caso con una lunghezza fino a 2.400 paia di basi (bp). La conoscenza del genotipo virale ha rilevanti implicazioni terapeutiche e diagnostiche: per l'HCV (virus dell'epatite C), il genotipo (1a, 1b, 2, 3, 4, 5, 6) determina la scelta del regime terapeutico con antivirali ad azione diretta (DAA) e la durata del trattamento; per l'HBV (virus dell'epatite B), i genotipi (A-H) influenzano la risposta alla terapia con interferone e la progressione verso la cirrosi; per l'HIV, la genotipizzazione è parte del test di resistenza genotipica, che identifica le mutazioni nelle regioni della transcriptasi inversa, della proteasi o dell'integrasi associate alla resistenza ai farmaci antiretrovirali. Questa analisi viene eseguita dopo amplificazione PCR del segmento virale di interesse, seguita da sequenziamento Sanger o next generation sequencing (NGS) e confronto delle sequenze ottenute con database di riferimento. Il referto indica il genotipo e, nel caso del test di resistenza HIV, le mutazioni presenti con le relative implicazioni terapeutiche.