Il sequenziamento di nuova generazione o Sanger esteso su isolati virali o materiale clinico consente di ricostruire quasi per intero il genoma, identificare cluster trasmissivi e profili di resistenza antivirale. L'interpretazione bioinformatica confronta le sequenze con database pubblici. Applicazioni: HIV, HCV, HBV, SARS-CoV-2, arbovirus in epidemiologia avanzata. Qualità del campione ed estrazione influenzano esiti; campioni a bassa carica possono fallire. I risultati supportano decisioni cliniche e sanitarie pubbliche in modo anonimizzato dove richiesto. Il referto tecnico include qualità di copertura, profondità di lettura e confronto con linee di riferimento aggiornate; tempi di consegna sono superiori ai test rapidi antigenici.
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