L'immunofenotipizzazione del liquido cerebrospinale (liquor) è un'analisi citofluorimetrica eseguita su campioni ottenuti da rachicentesi diagnostica, che caratterizza le popolazioni leucocitarie presenti nel liquor attraverso l'impiego di anticorpi monoclonali coniugati a fluorocromi rivolti contro un pannello di fino a 8 antigeni di membrana cellulare. La tecnica di citometria a flusso permette di analizzare simultaneamente la morfologia, la dimensione e la positività antigenica di ogni singola cellula, identificando fenotipi patologici caratteristici delle neoplasie ematologiche con infiltrazione del sistema nervoso centrale: linfomi B diffusi a grandi cellule, leucemia linfoblastica acuta B o T, leucemia linfatica cronica con infiltrazione meningea, linfomi T periferici e leucemie mieloidi acute con sarcoma meningeale. Nel liquor normale sono presenti meno di 5 cellule/mm³, prevalentemente linfociti T maturi; la presenza di cellule con fenotipo aberrante (esprimenti marcatori anomali come CD19+CD5+CD23+ o con restrizione della catena leggera delle immunoglobuline) è diagnostica di infiltrazione neoplastica anche in assenza di pleocitosi significativa. La conta cellulare associata quantifica il numero assoluto di leucociti per mm³ e fornisce la distribuzione percentuale delle sottopopolazioni (linfociti T, B, NK, monociti). Questa analisi è più sensibile della semplice citologia morfologica nel rilevare minimi infiltrati neoplastici meningei, consentendo la diagnosi precoce di recidiva e guidando la scelta della terapia intratecale.