La chirurgia toracica comprende un ampio spettro di interventi sugli organi e le strutture contenute nel torace: polmoni, pleura, mediastino, diaframma, parete toracica, trachea e bronchi, esofago. Gli interventi possono essere eseguiti con due approcci principali. La toracotomia (chirurgia open) prevede un'incisione laterale del torace con divaricazione delle coste. La videotoracoscopia è l'approccio mini-invasivo: vengono praticati 3 piccoli accessi nel torace attraverso cui vengono introdotti una telecamera in alta definizione e gli strumenti chirurgici, con visualizzazione dell'interno del torace su monitor. I principali interventi di chirurgia toracica includono: lobectomia in malformazioni polmonari congenite, apicectomia per distrofia cistica bollosa ( anche con tecnica uniportale); decorticazione pleurica e pleurodesi per empiema.
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Il blocco operatorio pediatrico si trova al primo piano del padiglione Michelangelo.