La ricerca degli acidi nucleici del virus Zika in materiale biologico è un'indagine diagnostica molecolare che utilizza la tecnica della reazione a catena della polimerasi con trascrizione inversa (RT-PCR) per rilevare la presenza dell'RNA virale nei campioni biologici del paziente. Il virus Zika è un arbovirus a RNA trasmesso principalmente dalla puntura di zanzare del genere Aedes, ma anche per via sessuale e verticale madre-feto. L'analisi molecolare è il metodo diagnostico di riferimento nella fase acuta dell'infezione, quando la viremia è ancora rilevabile, tipicamente entro i primi 7 giorni dall'esordio dei sintomi. I campioni biologici utilizzati possono essere il siero o il plasma per la fase di viremia, le urine, che mantengono la presenza del virus per un periodo più lungo rispetto al sangue, oppure il liquido seminale nei maschi, dove il virus può persistere per settimane o mesi dopo la guarigione clinica. L'esame è indicato in soggetti con sintomi compatibili (febbre, esantema, artralgia, congiuntivite) che abbiano soggiornato nelle settimane precedenti in aree endemiche del Centro e Sud America, Africa subsahariana, Caraibi o Asia-Pacifico, oppure in gravidanza in presenza di sospetto di infezione connatale, data la correlazione del virus Zika con la microcefalia fetale e altri danni neurologici congeniti.