La ricerca degli acidi nucleici di Neisseria gonorrhoeae su tampone faringeo è un esame di biologia molecolare utilizzato per diagnosticare l'infezione gonococcica della faringe, una localizzazione frequente della gonorrea che nella maggior parte dei casi decorre in modo asintomatico o paucisintomatico, rendendo la diagnosi clinica particolarmente difficile. Il campione viene prelevato strofinando un tampone sterile sulla parete posteriore della faringe e sulla superficie delle tonsille palatine. Il materiale raccolto viene sottoposto ad amplificazione degli acidi nucleici mediante tecnica PCR (Polymerase Chain Reaction) o NAAT (Nucleic Acid Amplification Test) che rileva sequenze specifiche del DNA del gonococco con elevata sensibilità e specificità. La metodica molecolare è nettamente superiore all'esame colturale tradizionale per la sede faringea, dove la coltura ha una sensibilità limitata a causa della presenza della flora batterica commensale orofaringea che può inibire la crescita del gonococco e della presenza di Neisserie non patogene che possono essere confuse con N. gonorrhoeae. Il risultato è disponibile entro 24-48 ore. In caso di positività è indicato il trattamento antibiotico specifico e lo screening delle altre sedi potenzialmente coinvolte (urogenitale, rettale) e del partner sessuale.