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La ricerca degli acidi nucleici del virus del morbillo è un esame di biologia molecolare per la diagnosi di conferma dell'infezione da virus del morbillo (Measles morbillivirus, famiglia Paramyxoviridae). Il campione può essere prelevato da diverse matrici biologiche: tampone nasofaringeo o orofaringeo (il campione preferito per la rilevazione nei primi giorni di malattia), urine (il virus viene escreto per via urinaria per diverse settimane), sangue intero o plasma e liquor cerebrospinale (in caso di sospetta encefalite). L'RNA virale viene estratto, retrotrascritto in DNA complementare e amplificato con RT-PCR real-time con primer specifici per il gene N (nucleoproteina) del virus del morbillo. Il test molecolare è più sensibile della sierologia (IgM) nelle prime fasi dell'infezione e consente la genotipizzazione del ceppo virale (genotipi B3, D4, D8, H1) per la sorveglianza epidemiologica e il tracciamento delle catene di trasmissione. L'esame è indicato per la conferma dei casi sospetti di morbillo, la diagnosi differenziale degli esantemi febbrili e nella sorveglianza delle complicanze neurologiche.
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