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La ricerca degli acidi nucleici di SARS-CoV-2 è un esame di biologia molecolare che utilizza la RT-PCR (Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction) per identificare l'RNA del virus SARS-CoV-2 in campioni delle vie respiratorie. Il campione viene prelevato con un tampone nasofaringeo (inserito attraverso la narice fino alla rinofaringe) o orofaringeo (dalla parete posteriore della faringe). L'RNA virale viene estratto, retrotrascritto in DNA complementare e amplificato con primer specifici per i geni target del virus: gene N (nucleocapside), gene E (envelope), gene RdRp (RNA-polimerasi RNA-dipendente) e gene S (spike). Il risultato è espresso come positivo o negativo, con il valore Ct (ciclo soglia) che indica la carica virale (Ct basso = alta carica virale, Ct alto = bassa carica virale). L'esame è il gold standard per la diagnosi di infezione acuta da SARS-CoV-2 e per la conferma dei test antigenici rapidi positivi. Viene utilizzato per la diagnosi clinica, lo screening pre-ricovero e pre-operatorio, la sorveglianza epidemiologica e il monitoraggio della clearance virale.
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