La PCR sul tampone oculare offre alta sensibilità per diagnosticare infezione da C. trachomatis a livello congiuntivale, fondamentale nel neonato esposto materno-fetale e nell'adulto con congiuntivite mucopurulenta e anamnesi a rischio. Il prelievo deve evitare contaminazione eccessiva da secrezione. Esiti positivi richiedono trattamento del paziente e screening/trattamento dei partner sessuali per prevenire ping-pong di infezione. In gravidanza positività genitale correlata impatta sul follow-up neonatale. Falsi negativi sono possibili con campioni inadequati o dopo antibiotici recenti. La terapia antibiotica sistemica e le gocce oculari seguono protocolli pediatrici o adulti; in caso di coinfezione gonococcica si associa trattamento combinato secondo linee guida.