La risonanza magnetica dello scroto è un esame di secondo livello che fornisce immagini ad alta risoluzione del contenuto scrotale quando l'ecografia non è conclusiva. Le sequenze T1, T2 e con soppressione del grasso consentono un'eccellente differenziazione tissutale tra parenchima testicolare normale, lesioni solide, cisti, componenti emorragiche e tessuto fibrotico. L'esame è particolarmente indicato per la caratterizzazione di masse testicolari rilevate all'ecografia (diagnosi differenziale tra seminoma, tumori non seminomatosi, linfoma, tumori benigni come il tumore a cellule di Leydig), per la localizzazione di testicoli criptorchidi (ritenuti nel canale inguinale o nell'addome), per la valutazione dei traumi scrotali con ematocele e possibile rottura della tunica albuginea, e per lo studio della torsione testicolare in fase subacuta. Può essere richiesta anche nella valutazione dell'infertilità maschile con azoospermia ostruttiva per lo studio dell'epididimo e dei dotti deferenti. L'esame dura circa 25-30 minuti.